Центри контролю та профілактики захворювань США, CDC, запустили консорціум, щоб створити національну мережу лабораторій секвенування, яка прискорить опублікування даних про послідовність SARS-CoV-2 у суспільному надбанні. Швидке оприлюднення відкритих даних послідовності коронавірусу допоможе орієнтуватися COVID-19 реагування громадського здоров’я, стимулювати інновації та відкриття та покращувати розуміння цієї та майбутніх пандемій.
це Секвенування SARS-CoV-2 для реагування на надзвичайні ситуації громадського здоров’я, епідеміології та нагляду (SPHERES) консорціуму, що значно розширить використання секвенування цілого геному (WGS) вірусу COVID-19. SPHERS надаватиме послідовні дані в режимі реального часу групам реагування громадського здоров’я, які розслідують випадки та кластери COVID-19 по всій країні.
Цей новий консорціум допоможе їм краще зрозуміти, як вірус поширюється як на національному рівні, так і в їхніх місцевих громадах. У свою чергу, кращі дані допоможуть працівникам охорони здоров’я перервати ланцюги передачі, запобігти новим випадкам захворювань, захистити та врятувати життя.
«США є світовим лідером у передовому швидкому секвенуванні геному. Ці скоординовані зусилля наших державних, приватних, клінічних та академічних лабораторій охорони здоров’я відіграють життєво важливу роль у розумінні передачі, еволюції та лікування SARS-CoV-2. Я впевнений, що наші найкращі, найкваліфікованіші уми працюють разом, щоб допомогти нам рятувати життя сьогодні і завтра», – сказав директор CDC Роберт Редфілд, доктор медичних наук.
Відстеження розвитку вірусу COVID-19
Дані геномної послідовності можуть дати безпрецедентне уявлення про біологію SARS-CoV-2, вірусу, що викликає COVID-19, і допомогти визначити мінливий ландшафт пандемії. Секвенуючи віруси зі всіх Сполучених Штатів, CDC та інші органи охорони здоров’я можуть відстежувати важливі зміни в вірусі та використовувати цю інформацію для відстеження контактів, заходів щодо пом’якшення наслідків громадського здоров’я та стратегій контролю інфекцій.
Консорціум SPHERES — це амбітні зусилля з координації секвенування геному SARS-CoV-2 на національному рівні, організовуючи десятки менших індивідуальних заходів в єдину розподілену мережу лабораторій, установ і корпорацій. Консорціум поєднує в собі досвід, технології та ресурси 40 державних та місцевих департаментів охорони здоров’я, кількох великих клінічних лабораторій та понад двох десятків установ, що співпрацюють у федеральному уряді, наукових колах та приватному секторі.
SPHERES запровадить передові практики та стандарти консенсусних даних, прискорить відкритий обмін даними та створить пул ресурсів та досвіду, щоб допомогти впровадити передові технології у національну відповідь на COVID-19.
Дані SPHERS відкриті, спільні
Члени консорціуму поділяють прихильність швидкому відкритому доступу до послідовності. Вони планують подати всі корисні дані про послідовність у загальнодоступні репозитарії Національного центру біотехнологічної інформації (NLM/NCBI) Національної медичної бібліотеки, Глобальної ініціативи щодо обміну даними про пташиний грип (GISAID) та інших публічних репозиторіях послідовностей. Це допоможе забезпечити швидкий доступ до даних вірусної послідовності зі всієї Сполучених Штатів для прийняття рішень у сфері охорони здоров’я та вільний доступ дослідників з усього світу.
Члени консорціуму включають:
Федеральні агентства та лабораторії
Центри контролю та профілактики захворювань, Управління розширених молекулярних виявлення
Аргонна Національна лабораторія
оборонне агентство охорони здоров'я, Глобальна інфекція Захворювання Спостереження
Управління з продовольства і медикаментів
Лоуренс Берклі Національна лабораторія
Національна лабораторія в Лос-Аламосі
Національний інститут алергії та інфекційних захворювань, Управління геноміки та передових технологій
Національний інститут стандартів і технологій
Національний центр біотехнологічної інформації Національної медичної бібліотеки
Інститут досліджень армії Уолтера Ріда
Державні/місцеві лабораторії охорони здоров'я
Арізона
Каліфорнія
Делавер
Федеральний округ Колумбія
Флорида
Гаваї
Мен
Меріленд
Массачусетс
Мічиган
Міннесота
Північна Кароліна
Північна Дакота
Невада
Нью-Мексико
Нью-Йорк
Юта
Віргінія
Вашингтон
Вісконсін
Вайомінг
Академічні установи
Університет Бейлор
Корнельського університету
Центр досліджень раку Фреда Хатчінсона
Гора Синайська школа медицини
Нью-Йоркський університет
Університет Північної Арізони
Буффалоський університет
Каліфорнійський університет, Берклі
Університет Каліфорнії, Девіс
Університет Каліфорнії в Ірвіні
Каліфорнійський університет, Лос-Анджелес
Університет Каліфорнії, Сан-Франциско
Університет Каліфорнії, Санта-Крус
Чиказький університет
Університет штату Меріленд
Університет Міннесоти
Університет Небраски
Університет Нью-Мексико
Університет Вашингтона
Єльський університет
корпорації
Діагностика компанії Abbott
біоМеріє
Колірна геноміка
Gingko Bioworks
IDbyDNA
In-Q-Tel
LabCorp
Один Кодекс
Oxford Nanopore Technologies
Тихоокеанські біологічні науки
Qiagen
Діагностика пошуків
Дійсно науки про життя
Назви корпорацій надаються лише в інформаційних цілях, і їхнє включення тут не означає схвалення корпорацій чи будь-яких їх комерційних продуктів чи послуг Центрами контролю та профілактики захворювань США.
Некомерційні інститути охорони здоров'я або науково-дослідні установи
Асоціація лабораторій громадського здоров'я
Фонд Білла і Мелінди Гейтс
Широкий інститут
Чан Цукерберг BioHub
Інститут Крейга Вентера
Альянс громадського здоров'я з геномної епідеміології
Дослідження Скріппса
Лабораторія Джексона
НДІ трансляційної геноміки – Півн
Фонд Вальдера
Протягом останніх шести років програма Управління розширеного молекулярного виявлення CDC інвестувала у федеральні та державні лабораторії охорони здоров’я, щоб розширити використання геноміки патогенів та інших передових лабораторних технологій для нагляду за інфекційними захворюваннями та реагування на спалахи. Нинішні інвестиції консорціуму мають на меті врятувати життя в умовах пандемії SARS-CoV-2 та підготувати Сполучені Штати та світ до майбутньої відповіді на пандемію.
Щоб дізнатися більше про геномне секвенування або роботу CDC у розширеному молекулярному виявленні, відвідайте сторінку https://www.cdc.gov/amd/
